한의학의 치료수단의 하나인 한약재에 대하여 연구하는 교실이다. 한약재에 관한 가장 오래된 서적이라 하는 신농본초경과 신수본초 · 증류본초 · 탕액본초 · 본초강목 등의 중국의 본초서를 비롯하여 동의보감 · 제중신편 · 방약합편 등 한국의 본초서를 중심으로, 한약재의 기원 · 효능 · 용법 등에 관하여 연구한다.
본초학의 범주에 속한 한약재는 동물 · 식물 · 광물 등 약용가치가 있는 모든 것을 망라하고, 개별 한약재는 대한 이론적 · 실험적 · 임상적 검증을 통하여 약효가 설정되어 방제 구성의 기초가 되며 한의학 임상에서 사용된다. 본초학교실에서는 이러한 한약재의 효능효과가 안전하고 효율적으로 사용되기 위한 다양한 연구를 수행하고 있다.
학위과정 중 세미나발표와 논문지도를 통하여 본초의 기초이론을 연구하여 문헌연구 및 실험연구를 수행한다.
본초와 방제에 대한 심화연구를 수행하며 세미나발표와 연구과제 수행을 통하여 본초 전공자로서의 지식을 심화한다.
본초학 기초이론에 대한 연구 : 본초기원, 기미, 귀경, 승강부침, 약물보사, 배합, 수치 등 본초의 기초이론에 대하여 제 문헌을 탐색하고 연구하여, 본초의 기초 이론을 체계화 하고 현대적 해석을 통하여 임상응용의 방법을 모색한다.